《暗杀大师3：忏悔者》描写了德国慕尼黑,一名犹太学者在家中遇害，其真实身份是加百列的昔日搭档。加百列得知消息后迅速赶到案发地点，一份离奇失踪的文件成了各方势力争夺的关键。加百列一路追查，发现死者竟与梵蒂冈教皇有着错综复杂的联系。而那份丢失的文件，将揭开几百万犹太人不为人知的命运。