《刺客信条：兄弟会》是继《刺客信条2》之后的延续作品，《刺客信条：兄弟会》的一大特色就是加入了对多人模式的支持。

由于《刺客信条》的故事发展至此已经到了第三代，所以《刺客信条：兄弟会》一开始就来了段前情提要，交代系列故事的来龙去脉：故事的主角戴斯蒙德·迈尔斯因为拥有阿萨辛祖先的基因记忆，所以被当代的圣殿骑士组织Abstergo绑架，利用记忆回溯仪器Animus读取戴斯蒙德阿萨辛祖先的记忆，并借此找出伊甸残片的所在，进一步使用这些神秘物件的力量统治世界。在《刺客信条2》的尾声，圣殿骑士杀入戴斯蒙德所在的阿萨辛据点，主角一行人只得展开逃亡。