《黄仁宇全集》（第二版）于2012年3月由九州出版社修订增补出版。全集由十五册组成，涵盖学术专著、历史随笔和小说。将初版时黄仁宇先生的一些散失于全集之外的零星著述，进行了收集整理，增补了《长沙白茉莉》一书及初版未曾收入的十四篇文章，并对文字进行了重排重校。全集的装帧设计由著名的设计师陆智昌老师亲自全程参与。
全集的特点是内容全面、编校严谨、制作精美，除了收入广为传播的《万历十五年》等语言浅显的作品，还收入了《明代的漕运》、《十六世纪明代中国之财政与税收》等学术专著，以及展现作者传奇人生的自传：《黄河青山》、《缅北之战》。黄仁宇的弟弟黄竞存、著名出版家林载爵分别撰写了序言；每一册的卷首都配有两帧黄仁宇先生的照片。