华硕X99-E基于英特尔的X99芯片组，LGA2011 V3接口。才用了华硕自家专利的O.C插槽，实际供电较原版稳定性更强，8+4相供电，ATX板型。8条DDR4插槽，支持最大128GB容量内存。具备3条PCI-E 3.0 x16和2个PCI-E 2.0 x1接口，支持2路/3路显卡交火。主板板载了最新的SATA-Express、M.2和USB 3.0接口。华硕Aura灯效系统可以控制插入主板的LED灯带进行多种灯光变换。美声大师3也增强了主板输出的音质。