微星X99A Gaming Pro Carbon采用标准ATX板型，整体为黑色搭配Carbon碳纤维风格。最大卖点是搭载了Mystic Light RGB LED灯效系统，位于供电、南桥、尾部护罩和音频处设有背光，可通过专用驱动程序调色，有17种LED风格可变换。基于X99芯片组，LGA2011-V3插槽不变，可支持英特尔Broadwell-E（英特尔i7-6950X、i7-6900K、i7-6850K和i7-6800K等）处理器，配置有左右各4共8条DDR4内存槽，支持四通道3433MHz；储存扩展包括10个SATA（共享占用两组SATA 可转换SATA-Express）、M.2和U.2，还有4路PCI-E x16、2个PCI-E x1，支持3way SLI/CF交火多路配置。

此外，X99A Gaming Pro Carbon是第一款配有前置USB3.1 Type C主板，PCIE还有加固钢铁护甲，保护不易脱焊或变形，只可惜没有像华硕ROG STRIX X99 GAMING的PCIE背光设计，不过这套Mystic Light RGB LED背光方案，玩家可任意调节颜色、模式，随游戏、音乐律动，可玩性极高，营造更酷炫的游戏氛围，适合喜欢背光有侧透游戏主机的玩家。