在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与外祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但是，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。此后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。