ROG STRIX X99 GAMING主板在设计上主打RGB背光灯效，在供电散热片、南桥以及尾部I/O挡板都有背光设计，还可通过驱动进行调节，同时还特别设有一个RGB LED背光灯条接口，可以为机箱内营造华丽背光氛围。ROG STRIX X99 GAMING基于EATX板型X99芯片组，可兼容LGA 2011-V3处理器（I7 6000/I7 5000以及XEON E5V4/E5V3），有8条最高可支持到四通道128GB容量，最高频率达3333MHz，还支持X.M.P2.0，更方便超频。

扩展PCIe插槽包括：3 x PCIe 3.0 x16+1 x PCIe 2.0 x16+2 x PCIe 2.0 x1，支持NVIDAI 3路SLI/CF交火多路配置。值得一提的是，PCIE有金属加固和背光处理，可有效防止因显卡过重导致变形，背光更华丽。储存扩展方面包括8个SATA 3和一个 SATA Express（SATA-E，需要占用共享2个SATA），一个支持NVME协议M.2和U.2（M.2 支持2242/2260/2280/22110，U.2可支持英特尔SSD 750）

此外，ROG STRIX X99 GAMING配置有无线/蓝牙4.1模块扩展，有线基于Intel I218-V控制方案，具有抗浪涌保护，无线支持802.11ac，2.4G/5G双频2T2R天线设计，可提供867Mbps。音频方案基于华硕自家SupremeFX技术，设有耳机放大器，最大提供600欧姆抗阻，满足高品质设备需要。尾部配置了USB3.1 TYPE-C/A，基于ASMedia USB 3.1控制器，还有mini displayport和一些常规输出。