有栖川彻子X荒井花：两个人相遇的时候，发生了一个很小的杀人事件。

有栖川彻子的父母离婚了，她跟随母亲到别处定居。转入新学校后，却莫名陷入了“犹大”的死亡迷雾中，从而被中二气质满满的同学们疏离。然而，不知从何时开始，她家隔壁那个足不出户的神秘少女（荒井花）竟然窥探起自己。渐渐地有栖川彻子开始思忖这些事件背后的真相，于是她偷偷跑进了邻居荒井花的家——一场古灵精怪的伟大友谊开始了。

为了弄清真相，两个原本互不相识的少女走到了一起。就此，也掀开了一个名叫“花与爱丽丝”的青春篇章。

如果说电影《花与爱丽丝》是一篇名叫“友谊”的青春童话，那么这部身为前传的《花与爱丽丝杀人事件》讲述的就是一种注定相遇的羁绊。年少的岁月从不缺少奇思怪想，执念在对的人眼中也是一种可爱。