欧文的父亲冤死监狱，他的母亲整日以泪洗面。欧文为了证明父亲的清白，决定接受原阿布斯泰格公司技术人员门罗的帮助。门罗能够通过熟练操作Animus（具备穿越功能的虚拟现实机），让欧文穿越到过去，体验他祖先经历过的历史记忆。

这看似简单地一次穿越，却让欧文遭遇了始料未及的危机。在战场失利被敌军虏获之后，原本愿意以死效忠本族的欧文的先祖，却仿佛着魔般降服于敌军首领的一把匕首之下。此时的欧文并不知道自己在先祖的基因记忆中意外地发现了失传已久的圣物——伊甸园碎片的踪迹。直到他在现代社会的街头目睹了阿布斯泰格公司的员工被杀，以及一个在屋顶飞跑跳跃的刺客对他穷追不舍地追杀，他才明白自己已被卷入了一场激烈的斗争之中。