20世纪80年代中国出版人羡慕西方老牌出版社用文库形式，推出自己的品牌图书，于是三联书店总经理沈昌文在1986年启动新知文库，三联当年先是推出了现代西方学术文库，但一些介绍性的二手著作和篇幅较小的名著放入文库不太合适，放弃又可惜，便被整理成系列，以供读者参照阅读，这就是老版新知文库。从1986年到1998年，这套书出版了83种，这些小册子在二十世纪八九十年代译介西方思想的大潮中颇有影响。

1996年，因应科学主义的时代风潮，三联又率先推出了一套丛书“科学人文丛书”，首先出版了《复杂》《双螺旋》《别闹了费曼先生》等名着的中译本，从1996年到2004年，这套书共出版了27个品种。它与同时期诞生的“三思文库”“第一推动”“哲人石”等著名丛书一起，被统称为科学人文图书，热闹一时。

2006年，看到时代的发展和趣味的变迁，三联决定推出新版新知文库。三联的这种选择再一次起到了引领作用。国内颇负盛名的书业同人网站百道网把图书的发布和评选分为八大类，最初有一类叫作科技，后来弃用改立新知，其总编辑在网站上的答读者问中宣称：“新知的得名，借鉴了三联人的智慧。”

1986年推出的老版偏重人文科学，1996年开始推出的科学人文丛书则偏重自然科学，而2006年的新版新知文库则二者兼有。前两版更注重对科学发展的反思和对科学精神的崇尚；而新版更注重新知识、冷知识与跨学科的融合，更注重趣味性、可读性与视野的前瞻性，其选题范围也重新拓展到社会科学领域。这种潮流的变迁其实又是与科技大趋势和社会大环境的发展息息相关。